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Diferencias en un genoma de la enteritis viral del pato
31 August 2011Hay diferentes ligamentos en regiones largas y cortas del genoma del Clon-03 de la enteritis viral del pato y las cepas VAC.
Se descubrió que los dos tipos del virus son distintos, puesto que la enteritis viral del pato (del inglés, DEV) debería ser un miembro separado de la subfamilia Alphaherpesvirinae, según una nueva investigación del Instituto de Investigación Veterinaria Harbin en China.
Xiaoli Liu y sus colegas de la división de Enfermedades Aviares Infecciosas en el Instituto de Investigación Veterinaria Harbin han publicado su estudio sobre DEV en un número reciente de la revista científica Virology Journal.
La enteritis viral del pato (DEV) es un miembro sin asignar en la familia de los Herpesviridae, explican en su estudio. Para demostrar la posición evolutiva de la DEV en la familia de los Herpesviridae, describen un fragmento de pares de bases de 42.897. También probaron una organización genómica novedosa al final de la región larga (L) en la región corta (C) completa en la cepa Clon-03 de la DEV.
Se amplificó un fragmento de pares de bases de 42.897 localizado al final del gen LOFR11 de la cepa Clon-03 de la DEV al usar un gen “fijado como objetivo con la RCP”.
Lui y sus colegas pronosticaron 22 marcos abiertos de lectura (del inglés, ORFs) y los fijaron en el siguiente orden: 5'-LORF11-RLORF1-ORF1-ICP4-S1-S2-US1-US10-SORF3-US2-MDV091.5-like-US3-US4-US5-US6-US7-US8-ORFx-US1-S2-S1-ICP4 -3'.
Era diferente de la cepa VAC publicada, ambas en el ligamento de la región L y la región C, y en la longitud de las proteínas US10 y US7.
El gen MDV091.5, el gen ORFx, el gen S1 y el gen S2 se observaron primero en el genoma de la DEV, según los investigadores de Harbin.
Las longitudes de US10 y US7 en la DEV se fijaron en los aminoácidos 311 y 371, respectivamente, en la cepa del Clon-03 de la DEV y fueron distintos de los mismos en otras cepas.
La comparación de la organización genómica en el fragmento con esa misma en otros herpesvirus mostró que la de la DEV posee algunas características únicas, como la duplicación de la US1 en cada final de la región US, y la US5, que no mostró homología con aquellas en otros herpesvirus.
Además, los resultados del análisis filogenético de ORFs en el fragmento representado indicaron que la DEV está más cerca de sus homólogos los VZV (Varicellovirus) y otros herpesvirus de las aves.
Lui y sus colegas llegaron a la conclusión de que las características moleculares del fragmento de pares de bases de 42.897 del Clon-03 eran diferentes de aquellos de la cepa VAC.
El análisis filogenético de los genes en esta región mostró que la DEV debería ser un miembro separado de la subfamilia Alphaherpesvirinae.
Bibliografía
Liu X., Z. Han, Y. Shao, Y. Li, H. Li, X. Kong and S. Liu. 2011. Different linkages in the long and short regions of the genomes of duck enteritis virus clone-03 and VAC strains. Virology Journal, 8:200. doi:10.1186/1743-422X-8-200
Agosto 2011
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